Tòa án Đặc biệt đã bị chỉ trích nhiều lần. Ví dụ có rất nhiều tranh cãi quanh việc bỏ Vụ 003 và 004, nhiều quốc tế cho rằng là do chính phủ Campuchia không sẵn lòng xét xử các thành viên Campuchia Đỏ đi theo chiều gió mới gần cuối xung đột.

Hơn nữa tòa còn bị trách móc vì tài chính hao tổn. Liên Hợp Quốc cùng chính phủ Campuchia phụ trách tài trợ chi phí hoạt động, tốn $173.3 triệu giữa năm 2006 và 2012, Campuchia chi $42.1 triệu, Liên Hợp Quốc $131.2 triệu. Cho năm 2013 Campuchia có ngân sách $9.4 triệu, Liên Hợp Quốc $26 triệu, tổng cộng là $35.4 triệu.[64] Tức Tòa án Đặc biệt đến năm 2014 đã tốn hơn $200 triệu mà chỉ xử xong mới một vụ kiện.[67] Nhiều nước trong cộng đồng quốc tế yêu cầu có ủy ban bên ngoài xem xét các thất bại đến nay; nhiều thúc dục nước như Nhật Bản, Đức, Pháp, Hoa Kỳ và Anh ngưng tài trợ Tòa án Đặc biệt cho đến khi được minh bạch, độc lập hơn.[68]

Tòa án cũng bị chỉ trích vì từ chối đơn nạn nhân. Một nạn nhân xin tham dự Vụ 003 bị khước từ bởi thẩm phán cho rằng tổn thương tâm lý của cô "khả năng cao là không đúng" và dùng định nghĩa hẹp của "nạn nhân trực tiếp" mà cho cô là nạn nhân gián tiếp trong vụ kiện. Tổ chức Open Society Justice Initiative yêu cầu Liên Hợp Quốc điều tra vụ việc, một nhóm quan sát cho tổ chức khẳng định việc xét xử gần đây "không đáp ứng yêu cầu cơ bản hay theo đúng tiêu chuẩn quốc tế, thậm chí còn không tuân thủ chính án lệ pháp của tòa."[69] Cuối tháng 2 năm 2012 tòa xin thêm $92 triệu nữa để chi trả hoạt động cho năm 2012 và 2013.[70]